平安時代、淳和天皇の皇女・崇子内親王が天然痘（疱瘡）を患われた時、この石に祈願したところ、石が身代わりとなって疱瘡となり、内親王の病はたちどころに治ったといわれています。それ以来この霊石は、「疱瘡石」と呼ばれるようになりました。
この疱瘡石、しばらく行方不明になっていましたが、数年前に偶然発見され、毎月１日・１１日（ご縁日）・１５日に本殿内で公開されています。公開当日はご利益を授かろうと多くの方が参拝に訪れます。
またこの霊石は、病を平癒してくださるだけでなく、都に疫病が流行る前には必ずこの石の表面がぬれるのだそうです。