７月の土用の丑の日に行われる「御手洗祭（みたらしまつり）」。別名「足つけ神事」とも呼ばれ、境内にある御手洗社の前にある御手洗池に足をつけて、けがれを浄め、疫病を追い払う行事です。
土用になると、御手洗池からなぜか清水が湧き出ることで、京の七不思議の一つにも数えられ（※１）、この時に湧き出る水泡をかたちどったのが「みたらし団子」です。
※１ 現在は泉は涸れ、「足つけ神事」などの際は水を引いて池を満たしています。