昔、祖神(そしん、=素戔嗚尊)が諸国を巡っていたが日が暮れてしまったので宿を請うたところ、巨旦将来(こたんしょうらい)は富み栄えていたにもかかわらず宿を貸さず、一方蘇民将来(そみんしょうらい)は貧しいにもかかわらず粟穀で座を敷き、粟の粥で手厚くもてなしました。
祖神はその心に喜ばれ、蘇民将来に、後年疫病が流行ったとしても、茅の輪をつけ、「蘇民将来の子孫なり」といえば疫病を免れると約束されました。
その後、疫病が流行り、巨旦将来の子孫はすべて絶えてしまいましたが、蘇民将来の子孫は今もずっと栄えているという言い伝えが残っています。
疫神社は、その素戔嗚尊から疫病を免れる茅萱を授けられた蘇民将来が祭神。毎年7月31日には、大茅輪が設けられ、夏越祓が行なわれます。