862年(貞観4)9月、境内から良い香りのする水が湧き出し、その水を飲んだところたちまち病気が治ったそうです。様々な奇跡を起こす香りの良い水が湧き出したため、清和天皇から「御香宮」の名を賜り、御香宮神社の名の起源となりました。
この水には、昔、諸国をめぐってきた猿曳が息も絶えだえにここにたどり着いた時、肩に乗っていた猿にこの湧水を飲ませるところたちまち元気になったという伝承も残っています。 徳川家代々の産湯にも使われた霊水です。
井戸は明治時代に枯れてしまいましたが、1982年(昭和57)に復元されました。今も霊水として、病気平癒、書道・茶道上達などを願い、「御香水」を汲みに来る人の姿で後を絶えません。
1985年(昭和60)には環境庁の「名水百選」にも選ばれ、伏見七名水の一つです。