昔、この地域一帯に奇病が流行し、人々は苦しめられていました。そこで薬師如来を祀って祈願したところ、奇病は治まったそうです。
薬師如来は、医薬をを司り、病気を治してくださるありがたい仏さまとして知られていますが、中でも本郷薬師は、疫病封じに霊験あらたかといわれています。
食中毒などの病原菌が繁殖しやすい夏や、ｲﾝﾌﾙｴﾝｻﾞなどが流行る冬場には特に参拝に訪れる人の姿が見られます。