本尊の薬師如来は、もともと愛知県鳳来町にあったもの。
祥岩禅師が修行中、狼に襲われ近くにあった薬師堂に逃げ込み祈ったところ、一匹の虎が現れ狼を追い払ってくれました。
この霊験に感謝した祥岩禅師が薬師如来を江戸へ移し、寺を建立して祀ったのが常仙寺です。
上記の故事から、薬師如来は”寅薬師”の名で親しまれ、災難除け、厄除けのご利益を授けてくださると信仰を集めています。